Eine katholische Schule in der New Yorker Bronx, 1964. Die prinzipientreue Schulleiterin Schwester Aloysius wacht mit Argusaugen über die ihr anvertrauten Jungen und führt das Internat mit eiserner Hand. Der junge und allseits beliebte Vater Flynn ist ihr mit seinen fortschrittlichen Ansichten ein Dorn im Auge. Als die naive Schwester James ihr berichtet, wie intensiv Flynn sich um Donald, den ersten schwarzen Schüler der Anstalt, kümmert, ist ihr Misstrauen geweckt: Ist Flynns Anteilnahme am Schicksal des Jungen wirklich rein beruflicher Natur, oder vergeht sich der Pater an dem Kind? Noch hat sie keine Beweise für ihren Verdacht, schenkt aber Flynns Unschuldsbeteuerungen keinen Glauben, sondern beginnt stattdessen, in der Vergangenheit des Priesters zu wühlen. Und tatsächlich scheint es dort einige dunkle Punkte zu geben, die Flynn wohlweislich verschwiegen hat…